Il Restauro, fortemente voluto nel 1995 dall'amministrazione comunale di Viterbo, non rivestiva a detta di Anna Lo Bianco, né un ruolo strutturale né tantomeno conservativo, ma il suo degrado era dovuto paradossalmente alle sovrapposizioni di interventi sbagliati, di manomissioni succedutesi nel tempo.

Continua la studiosa "La scelta è stata quasi sempre quella di rimuovere tali strati perché la loro qualità grossolana e sciatta non ha lasciato supporre un'autografia e una valenza storica…". Il caso più eclatante infatti va rintracciato nelle figure virili poste sulle pareti della Sala Regia (quelle sulle finte porte) riaffiorate dopo aver condotto puliture spinte o quella eclatante di Egidio da Viterbo che dopo la rimozione dello pseudo volto di profilo ha lasciato intravedere quello di tre quarti più pertinente e di ben altra qualità.
Anche i busti - ritratto oggi su fondo azzurrato, lasciavano già da tempo intravedere il fondo originale dello stesso colore del ritratto da alcune cadute di colore, da sollevamenti della pellicola pittorica e da alcune lacune. Le puliture delle patine hanno permesso di evidenziare i colori naturali meno effervescenti e stridenti di quelli noti al grande pubblico, si tratta di tinte cromatiche ben accostate, in linea con i colori usati dal Croce nell'Oratorio del Crocifisso e a Santa Susanna a Roma.